L’Académie est organisée en trois (3) Collèges : 

Toutefois, d’autres Collèges peuvent être créés en cas de nécessité. Les attributions et les modalités de fonctionnement des collèges sont définies à l’article 7 du règlement intérieur. Pour être fonctionnel chaque collège doit comporter au moins cinq (5) membres titulaires. Les académiciens d’un collège non fonctionnel s’inscrivent dans le collège de leur choix Chaque collège est composé des académiciens relevant de son domaine. Toutefois, des académiciens d’autres domaines peuvent participer à son animation. Les membres de chaque collège ayant droit de vote élisent en leur sein un Président, un Vice-président et un secrétaire. Ils sont élus pour un mandat de trois (ans) renouvelable une fois. Le président du Collège est membre du Bureau exécutif auquel il rend régulièrement compte des activités du Collège. Les Collèges sont organisés en commissions permanentes. Chaque Collège compte des commissions permanentes nécessaires à son bon fonctionnement et au rayonnement de l’Académie. La commission permanente est ouverte aux académiciens n’appartenant pas au collège qui l’a créée et à des personnalités extérieures à l’Académie. Parmi les académiciens membres de chaque commission permanente et sur proposition du président du collège d’appartenance, le Président de l’Académie nomme le Président de la commission en réunion du Bureau exécutif. Chaque commission permanente rédige son plan de travail annuel (PTA) qu’elle fait approuver obligatoirement par son Collège d’appartenance.Pour son fonctionnement, elle élit en son sein les autres membres de son bureau qui, outre son Président, comprend un Vice-Président et un Secrétaire. Les attributions et les modalités de fonctionnement de la commission permanente sont définies à l’article 8 du règlement intérieur.

L’Académie peut créer en son sein des commissions ad hoc à qui elle confie une mission particulière. Des personnalités extérieures à l’Académie peuvent être nommées en tant que membres des commissions ad hoc. Après consultation des membres de l’Académie pressentis et avis du Bureau exécutif le Président nomme les membres et le président de chaque commission ad hoc. Le président de commission rend compte au Bureau exécutif de la mission assignée à la commission et fait rapport à une Assemblée plénière.